Has ставится для he (он), she (она), it (оно). А слово "what" - это "it", ибо, "it" относится к неодушевлённым предметам (ещё, конечно, употребляется по отношению к животным).
What has happened?
Ставится прошедшее время has а это it в present simple
Has - употребляется с неодушевленными предметами.
Следовательно слово happened - происшествие - неодушевленное слово, поэтому ставится слово has.